Das Datum des Baubeginns der Nikolaikirche ist nicht sicher überliefert. In der Mauer des Chores soll sich einst ein Stein befunden haben, in dem die Zahl 1241 eingraviert war. Im Kieler Stadtbuch 1264-1289 wird eine Stiftung "ad edificium chori" ("für den Chorbau") von 1284 erwähnt. Nach Sigrid Thurm wurde allerdings der Kirchenbau nicht mit dem Bau des Chores, sondern mit dem Bau der Nordwand des Langhauses und dem Bau des Turms begonnen (zweite Hälfte 13.Jhd.). Der Turm stand noch allein, ohne die seitlichen Anbauten, also nur mit seiner östlichen Seite mit der Kirche verbunden.
Das Haupthaus in seiner heutigen Ausdehnung entstand in der 2. Hälfte des 14. Jahrhunderts, ein 3-schiffiger spitzbogiger Gewölberaum (vierteilige Gewölbe), wobei alle Schiffe gleich hoch waren, eine sogenannte Hallenkirche also, die in Deutschland häufige Variante des gotischen Kirchenbaus; man mag sich hierbei in Kiel an der Lübecker St. Petri-Kirche orientiert haben. Die Schiffe waren je drei Joche lang, die Seitenschiffe etwas schmaler als das Hauptschiff, sodass insgesamt ein fast quadratischer Innenraum entsteht, also eine ideale Halle, wäre nicht der bereits gebaute Chor, durch den der Kirchraum einen länglichen Charakter behält. An der Nordwand des Langhauses waren die Wandpfeiler dicker als an der Südwand, da an erster keine äußeren Strebepfeiler sich befanden. Die freistehenden Pfeiler im Innenraum waren achteckig, versehen mit Birnstabdiensten.
In den Jahren 1433 und 1434 werden zwei Stiftungen für den Turm erwähnt, der wohl in den folgenden Jahren vollendet wird, in etwa wie in der heutigen Gestalt und Höhe: Der Turmschaft 33 m, der achtseitige kupfergedeckte Turmhelm 43 m hoch. Sigrid Thurm weist auf die Vollendung des Turms von St. Petri zu Lübeck 1414-1427 hin, was die Kieler ihrerseits zur Verstärkung der Bautätigkeit angespornt haben könnte. Vergleicht man die Ausführung mit Lübecker Kirchen, so findet man dreieckige Schildgiebel am Turm von St. Marien, vier Ecktürmchen am Turm von St. Petri.
Im Jahr 1414 wird die "Kapelle des heiligen Kreuzes" als schon länger bestehend erwähnt, die sich in der Südwestecke zwischen Turm und Haupthaus befand. Mitte des 15. Jahrhunderts entstehen Anbauten an die Ostwände der Seitenschiffe. 1455 wird ein Vorbau zwischen dem nördlichen Seitenschiff und dem Chor errichtet, zweischiffig, zwei Joche tief, zweigeschossig, welcher als Sakristei diente.

Im 16. Jahrhundert wurden zwei Anbauten nördlich und südlich des Turms hinzugefügt, sodass der Turm nun äußerlich ganz in den Bau integriert war, wie wir es heute kennen, mit den Pultdächern, welche das Satteldach des Haupthauses fortsetzen. Im Norden waren dies die Rantzaukapelle, in der Otto von Ranzau 1511 bestattet wurde, im Süden die Ratskapelle (welche an die Stelle der Marien- oder Heilig-Kreuz-Kapelle trat), in deren Außenmauer sich ein Stein mit der Gravierung "1513" befunden haben soll; die südliche Kapelle erhielt ein Sterngewölbe.
Spätestens ab dem 17. Jahrhundert wurden einige Grabkammern angefügt, sodass schließlich zehn dieser mehr oder weniger kleinen Bauten an der Kirche klebten.

Eine größere Kapelle am mittleren Joch der Halle entstand 1652, die im Innern eine Empore für Universitätsdozenten hatte und so den Namen "Professorenchor" erhielt. Wohl auch in dieser Zeit entstand ein schmaler, dreigeschossiger Anbau an der Ostwand der südlichen Halle und Chor mit Pultdach, dessen First an der Hallenwand anschloss.
1877 bis 1884 wurde die Kirche neugotisch umgebaut. Ein ursprünglicher Plan dazu von 1867 stammt von Stadtbaumeister Martens, nachdem dieser 1872 gestorben war, wurde Kirchenbaumeister Schweitzer, der einen modifizierten Entwurf vorlegte, mit der Durchführung beauftragt. Die Umbauten umfassten: Abbruch der Anbauten, Entfernung der zusätzlichen Stützpfeiler vom Chor, Freilegung zugemauerter Fenster, Anlage einer umfassenden, einheitlichen Blendfassade, Angleichung eines Ecktürmches an die anderen drei an der Basis des Turmhelms, Versetzung des Dachreiters vom Ostende des Hauptdachs an das Ostende des Chores, Einfügung von Rundfenstern oben in den Fensteröffnungen, Ausbesserung der Gewölbe, Entfernung des Lettners. Eine weitere Maßnahme war die Aufteilung des Daches in einzelne Satteldächer für Hauptschiff und Seitenschiffe, wobei an den beiden Seiten je vier Satteldächer entstanden, je drei über den Seitenschiffen, je eines über den Turmkapellen, deren Firste quer zum First des Hauptdachs orientiert und etwas niedriger waren als dieses, wobei die Firsthöhe des Hauptdachs bedeutend niedriger als früher war.
Im Zweiten Weltkrieg wurde die Nikolaikirche durch einen Bombenangriff 22. Mai 1944 nahezu völlig zerstört , nur Reste der Umfassungsmauern, Schiffspfeiler (welche 1948 gesprengt wurden) und der schwer beschädigte Turm (ohne Helm) standen noch. Anfang 1950 wurde ein erster Plan zum Wiederaufbau des Turms vorgelegt, im weiteren Verlauf des Jahres wurde die Wiedererrichtung der gesamten Nikolaikirche festgelegt, beschlossen und unter Leitung von Gerhard Langmaack begonnen, und 1951 konnten Chor und Langhaus eingeweiht werden. 1953 wurde mit dem Turmneubau begonnen, das Hauptdach und der Dachreiter wurden 1957 fertiggestellt und bis 1959 war die Kirchenausstattung zurückgekehrt. Der Neubau orientierte sich äußerlich an der Architektur vor dem neugotischen Umbau und hat dieselben Dimensionen. 1964 wurde ein Anbau nach Vorbild des Professorenchores angefügt.

Verzichtet wurden jedoch auf die Gewölbe im Inneren der Halle und des Chores sowie die alte äußere Ausführung des Chores. Man hatte sich seinerzeit für eine flache Betondecke statt des Wiederaufbaus der Gewölbe entschieden.

 

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